林业局有林地保有指标，自然资源局也有相应的耕地保有量指标，现实中存在自然资源局为了弥补其他建设活动占用的耕地而去开垦新的耕地的做法，因此两个部门存在产生冲突的可能。从整体角度来看，该现象的解决还需要将林地和耕地的规划安排放在当地整体的国土空间规划当中去考量，统一规划，协调部署。

林业主管部门对占用林地进行审核，是林地转为建设用地行政许可的前置审批程序，如果追根溯源，该行政权力当来源于国家实行土地用途管制制度。对占用林地实施行政许可，来源于国家实行土地用途管制制度。《中华人民共和国土地管理法》第四条规定：“国家实行土地用途管制制度。

“国家编制土地利用总体规划，规定土地用途，将土地分为农用地、建设用地和未利用地。严格限制农用地转为建设用地，控制建设用地总量，对耕地实行特殊保护。

使用土地的单位和个人必须严格按照土地利用总体规划确定的用途使用土地。

《土地管理法》第三十条和第四十条进一步规定，“国家保护耕地，严格控制耕地转为非耕地”、“禁止毁坏森林、草原开垦耕地，禁止围湖造田和侵占江河滩地。根据土地利用总体规划，对破坏生态环境开垦、围垦的土地，有计划有步骤地退耕还林、还牧、还湖。”

1999年1月1日起施行的《基本农田保护条例》第十七条规定，禁止任何单位和个人占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。

《土地管理法》第三十三条规定，国家实行永久基本农田保护制度。

《中华人民共和国森林法》第十八条规定：“进行勘查、开采矿藏和各项建设工程，应当不占或者少占林地；必须占用或者征收、征用林地的，经县级以上人民政府林业主管部门审核同意后，依照有关土地管理的法律、行政法规办理建设用地审批手续，并由用地单位依照国务院有关规定缴纳森林植被恢复费。”

《中华人民共和国森林法实施条例》第十六条规定：“勘查、开采矿藏和修建道路、水利、电力、通讯等工程，需要占用或者征收、征用林地的，必须遵守下列规定：

“（一）用地单位应当向县级以上人民政府林业主管部门提出用地申请，经审核同意后，按照国家规定的标准预交森林植被恢复费，领取使用林地审核同意书。用地单位凭使用林地审核同意书依法办理建设用地审批手续。占用或者征收、征用林地未经林业主管部门审核同意的，土地行政主管部门不得受理建设用地申请。”

根据《自然资源部、国家林业和草原局关于以第三次全国国土调查成果为基础明确林地管理边界 规范林地管理的通知》（自然资发〔2023〕53号）要求，林地范围以“三调”及年度国土变更调查成果为基础确定，但林地类型及主要属性以林地保护利用规划为准。“三调”及年度国土变更调查新进林地，尚未纳入林地保护利用规划范围的，由县级林业行政主管部门根据现地调查结果确定。

要区分耕地上造林情形，实行差别化管理。“三调”为林地，实际属于在第二次全国土地调查及后续年度土地变更调查成果中的耕地上，实施国家退耕还林或按照国家政策和标准建设的防护林和绿色通道等的，按照林地管理。

“三调”为林地，不属于上述情形而属于在农民依法承包经营的耕地上种树的，在尊重农民意愿的前提下，逐步恢复为耕地，林草主管部门无需办理林地审核审批、采伐等手续，不纳入林业监督执法。

此外，要划分历史节点，处理开垦林地问题。“三调”为耕地，实际属于《国务院关于保护森林制止毁林开垦和乱占林地的通知》（国发明电〔1998〕8号）1998年8月5日印发以前开垦国有林区、国有林场的国有林权证范围内的林地（湿地、草地），按照耕地管理。

“三调”为耕地，实际属于国发明电〔1998〕8号1998年8月5日印发以后发生的毁林开垦，已划入耕地保护红线的，按照耕地管理；没有划入耕地保护红线的，依法依规按照林地管理。没有划入耕地保护红线的地块，涉及建设占用使用时，按林地办理审核审批手续，无需落实耕地“占补平衡”。

“三调”为非林地，实际为林草主管部门依据《森林法》已办理“临时使用林地”或“修筑直接为林业生产经营服务的工程设施占用林地”审批手续的，依法仍按照林地管理。

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